En el año 1813, luego de la desaparción del fortín, se construye la primera capilla, ubicada en la intersección de las calles 52 y 17, lugar donde actualmente se encuentra una placa recordatoria.

La imagen de la Virgen de la Merced es cedida por la señora del comandante Obligado. El edificio mostraba un estilo colonial con campana y una cruz en la cúspide. Dicha campana se encuentra hoy en la localidad de Pearson, perteneciente al partido de Colón.

La parroquia actual se inauguró el 22 de mayo de 1904, su estilo es ecléctico, compuesta por una mezcla de los estilos, el estilo Corintio, manifiesto en las columnas que contienen ángeles, rulos y hojas de Acanto, el estilo Tomico se muestra en el altar de marmol hasta la mitad donde comienzan los rulos de madera, y el estilo Gótico exhibido en sus dinteles.

El edificio tiene un largo de 60 metros por 20 de ancho, una altura de 42 metros y sus paredes están acompañadas por 30 vitrales.

El templo se realizó con la colaboración de toda la comunidad, incluyendo donaciones de la familias más pudientes de la época, tales como Morgan, Duffi, Crova e Ibarguren entre otras.

El arquitecto creador de la obra fué Antonio Vucetich. En la ciudad de Raven se encuentra una parroquia igual, dirigida por el mismo arquitecto, con los mismos planos.

La iglesia conserva la imagen original de la Virgen de La Merced, patrona de la ciudad.

En la década del 70, siguiendo una corriente de austeridad de la iglesia, se quitaron las imágenes, púlpitos, altares laterales de madera y arañas originales de Bacarat. A través de los años, solo se pudieron recuperar las imágenes que habian sido regaladas a vecinos.

En el año 2004 se formó una comisión que contrató arquitectos a nivel nacional, un grupo de colaboradores y la pobración en general, quienes hicieron posible la restauración del templo.